DNA-Painter
DNA-Painter ist ein kostenfreies webbasiertes CTool des britischen Web-Developers Jonny Perl zur Kartierung von DNA-Segmenten auf den einzelnen Chromosomen.
Anleitung
Die folgende Anleitung erklärt die wichtigsten Funktionen.
Registrieren: Um ein Konto zu erstellen, registriert man sich über die Schaltfläche "Register" in der oberen rechten Bildschirmecke mit Hilfe der Eingaben (in dieser Reihenfolge): Vorname, Name, E-Mail-Adresse, Benutzername und einem Passwort im Umfang von 12 bis 100 Zeichen. Diese Eingaben durch "confirm" bestätigen.
Einloggen: Man kann sich nach der Registrierung über die Schaltfläche "sign in" mit Hilfe der E-Mail-Adresse oder des Benutzernamens und des Passworts einloggen. Ein Häkchen bei "Remember me" sorgt dafür, dass man angemeldet bleibt, sofern gewünscht.
Ein Profil anlegen: In der oberen Leiste "Profiles" wählen. Anschließend erscheint ein Fenster, in dem man in der freien Fläche den Namen des Profils eingeben kann ("Who is this profile for?"). Darunter kann das Geschlecht ausgewählt werden ("Is this person male or female?" "Male" = männlich, "female" = weiblich). Mit "Save and start painting" bestätigt und schließt man dieses Fenster.
Ein Segment / eine Gruppe anlegen:
1. Ein Segment / Mehrere Segmente einpflegen und sichern: Nun kann man einzelne oder mehrere Segmente einpflegen und sichtbar machen. Zunächst unter "Paint a new match" ein neues Fenster öffnen. In die freie Fläche kann man nun Daten aus Gedmatch (one-to-one Vergleich, aus FTDNA-Chromosome-Browser etc) kopieren. Das Programm benötigt die Nummer des Chromosoms, Start- und Endpunkt des Segments und sollte vielleicht auch die SNPs enthalten. Im gleichen Fenster kann man unten festlegen, welche cM-Größe dargestellt werden soll. "Exclude segments under ..." schließt Segmente unter der eingegebenen Länge aus. Mit "Save match now" sichert man dieses Segment / diese Segmente.
2. Ein Segment oder eine Gruppe mit weiteren Information versehen: Im nächsten Fenster kann man nun alle Informationen über dieses Segment, die man schon hat, ablegen. Die rote Box "I know how I am connected to this match" klickt man an, wenn man die gemeinsame Vorfahrenlinie schon erarbeitet hat. Die dunkelblaue Box "I don’t yet know how I am connected to this match" klickt man an, wenn die Verbindung noch unklar ist. Im nächsten Schritt bitte einen Namen für den Treffer (Match) eingeben. Das kann auch ein Alias-Name sein. "Enter your ancestor’s name" kann genutzt werden, wenn man den oder die gemeinsamen Vorfahren schon kennt. "Is this match on your mom’s or your dad's side?" gibt die Möglichkeit, das Segment näher einzugrenzen, falls schon bekannt. Paternal = väterliche Seite Maternal = mütterliche Seite "I don't know" = wenn unbekannt oder auch, wenn das Segment von beiden Seiten stammt
Unter "colour" kann man für dieses Segment/ diese Segmente oder diese Gruppe eine Farbe auswählen.
Unten im Fenster ist noch Platz für weitere Notizen zu diesem Match, die man nutzen sollte, um vielleicht auch nach einiger Zeit noch zu wissen, welche Hypothese man z. B. beim Anlegen verfolgt hat. Neue Erkenntnisse können später ergänzt werden.
Mit "Save" sichert man dieses Segment und es erscheint im Profilfenster farblich unterlegt. Je nach vorausgegangener Definition auf dem jeweiligen Chromosom als väterlicher oder mütterlicher Strang oder provisorisch beide Stränge überlagernd, wenn nicht klar ist, zu welcher Seite das Segment gehört.
Mit dem Cursor kann man über bereits angelegte Segmente gehen und den Namen des Segments/der Gruppe, cM und Start- sowie Endpunkte sichtbar machen.
Daten vergleichen: Hat man nun einige bekannte Segmente oder auch auffällige Treffer in einem Profil angelegt, kann man auf die Nummer des Chromosoms klicken und damit das einzelne Chromosom mit den farbigen Balken vergrößern, so dass man überlappende Segmente gut sehen kann.
Siehe auch
Anmerkungen
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